Atento à importância da sustentabilidade do ambiente, o Instituto Biopesca está adotando uma série de medidas que colabora com a menor geração de resíduos e o melhor uso dos recursos. Uma delas é a criação da Comissão de Sustentabilidade, que visa reduzir o impacto das atividades do Biopesca no meio ambiente. Seu objetivo é implantar iniciativas voltadas ao descarte correto e destinação de material apropriado a entidades da área de reciclagem.